En 1965 va entrar a formar part de la Reial Societat Fotogràfica. L'any 2011 el Govern Espanyol li va atorgar la Medalla d'Or al Mèrit en les Belles arts.
Després d'alguns anys en què es va dedicar al dibuix, es va centrar en la fotografia i va iniciar la seva primera sèrie, "Paisatges". Pilar Pequeño divideix el seu treball en sèries obertes, en les quals la naturalesa és una constant. Sempre va utilitzar imatges en blanc i negre fins que en 2010 ha donat cabuda al color en la seva obra, anant més enllà del cromatisme tradicional. Hivernacles, paisatges i plantes, són objecte ineludible del seu objectiu, i amb elles, l'aigua, la llum, la vida, la mort.
La seva obra s'exposa en nombroses galeries i es troba en diverses col·leccions públiques, com ara, Museu Reina Sofia, Institut Valencià d'Art Modern, Col·lecció Cualladó o Col·lecció EXIT, Tenerife Espai de les Arts TEA. Tenerife, Comunitat de Madrid, Centre d'Art Dos de Maig CA2M, Centre d'Art Alcobendas, Junta de Comunitats Castella-la Manxa.
Va ser l'artista convidada de l'edició 2009 de FotoMaig Sitges
